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En el presente estudio se llevó a cabo una investigación encaminada a la determinación de la microbiota fúngica asociada a suelos agrícolas de la región de la Paz, BCS. Para ello, se seleccionó el área del campo experimental presente en la Universidad Autónoma de Baja California Sur, donde se da el establecimiento de diferentes tipos de cultivos. La toma de muestra de suelo se realizó en zigzag, en diez áreas o cultivos: sandia (malla sombra), palmas datileras, cítricos, suelo desnudo, maíz, avena, alfalfa, calabaza, sábila y melón. El muestreo se llevó a cabo a dos profundidades: 30 y 70 cm. Posteriormente el aislamiento de los microorganismos se obtuvo mediante la técnica de diluciones seriadas y la siembra en medio de cultivo PDA. Al cabo de siete días, se observó la expresión de los microorganismos presentes y se realizó el conteo de poblaciones en cada una de las muestras, así como la purificación e identificación morfológica de los mismos. Los resultados mostraron que en ningunas de las muestras de suelo analizadas tuvieron la presencia de microorganismos antagonistas principalmente del género Trichoderma spp.